Visualisation et analyse des donnees microscopiques 3D

Un sujet important de recherche biomedicale est l’organisation tridimensionnelle de structures cellulaires. Les developpements recents en microscopie, comme la capacite a faire des scanners tridimensionnels, jouent un role crucial dans ce champ de recherche. Cependant, l’interpretation manuelle et l’analyse de tels scanners est difficile et longue. Les techniques de traitement de l’image, comme le systeme ARGOS developpe par le CWI, s’averent d’une grande utilite pour ces procedures d’analyse. ARGOS aide les biologistes dans l’interpretation des donnees microscopiques en utilisant une combinaison de traitement d’images, de detection et de visualisation. Le systeme peut etre utilise pour detecter des cellules tumorales. La nouvelle combinaison d’analyse quantitative et de techniques de visualisation est un outil tres puissant pour la comprehension des donnees microscopiques. La visualisation est utilisee pour presenter les donnees extraites des scanners et permettre leur surveillance. L’analyse est basee sur l’extraction des elements « biologiquement » significatifs a partir des donnees, en utilisant des techniques de traitement d’images et les caracteristiques de ces elements telles que la rondeur et la taille. L’analyse des donnees biologiques pose des problemes specifiques sur le traitement automatique. Le bruit du au traitement de l’image necessite l’analyse des collections de donnees et la capacite a tracer le traitement. Le feedback interactif permet a l’utilisateur de tracer les resultats vers leurs sources pour mettre en lumiere d’eventuelles anomalies. Argos offre traitement de l’image, capacite de detection et outils d’extraction d’informations quantitatives pour l’analyse de grands volumes de donnees. Une application possible du systeme est la detection automatique de tumeurs dans des echantillons de tissu. Pour le moment, l’examen des echantillons de tissu se fait manuellement. Les noyaux des tumeurs malignes peuvent differer de plusieurs manieres de ceux des tumeurs benignes. La structure du noyau par exemple peut etre plus ou moins granulaire et ces grains ont des dimensions et des densites differentes. Argos utilise des techniques de traitement de l’image pour quantifier ces caracteristiques basees sur les images du noyau en provenance des echantillons de tissu. Les pathologistes peuvent prononcer des diagnostics a moindre cout et avec bien plus de precisions que s’ils utilisaient uniquement les images. Contacts : - http://homepages.cwi.nl/ wimc - email : wim.de.leeuw cwi.nl Sources : ERCIM News, 01/2005