Vers des normes pour les mesures d'expression de genes par microarrays

Les recherches realisees sous l’egide du programme Critical Path par le
consortium MicroArray Quality Control (MAQC) vont permettre aux entreprises
d’ajouter plus aisement aux dossiers qu’elles soumettent a la FDA (Food and
Drug Administration), les donnees issues de tests par microarrays.
Meme si les microarrays sont devenues des outils tres largement utilises par
les entreprises pharmaceutiques pour les tests de pharmaco-genomique et de
toxico-genomique, la FDA manque de normes et de mesures de qualite pour
pouvoir se referer aisement a ce type de donnees dans ses evaluations.
Le consortium MAQC a montre la reproductibilite de mesures d’expression de
genes realisees sur 6 plateformes differentes commercialisees par Applied
Biosystems (Foster City, Californie), Affymetrix (Santa Clara, Californie),
Agilent Technologies(Palo Alto Californie), Eppendorf (Hambourg, Allemagne),
GE Healthcare, Fairfield, Connecticut) et Illumina (San Diego, Californie),
une microarray construite sur mesure avec les oligonucleotides de
l’entreprise Operon Biotechnologies (Huntsville, Alabama) et 3 plate-formes
d’expression de genes n’utilisant pas de microarray. Ces donnees permettent
aujourd’hui de mettre en place des normes et mesures de qualite auxquels les
entreprises pourront se referer, simplifiant ainsi les dossiers de
soumission.
L’etude montre de facon interessante que des plateformes utilisant des
approches differentes pour mesurer l’expression des genes -par exemple
utilisant des sondes courtes ou longues d’oligonucleotides- generent souvent
des resultats comparables.
Deux autres initiatives travaillent actuellement a la creation de references
pour les donnees d’expression issues de microarrays : le groupe du Center
for Drug and Evaluation Research qui utilise un echantillon d’ARN issu de
deux tissus dont l’expression de genes specifiques est connue et le ERCC
External RNA Controls Consortium, qui teste des transcrits polyadenyles
ajoutes a un echantillon d’ARN pour evaluer des performances techniques.
La FDA compte publier ses recommandations en decembre 2007.