Un premier pas vers le sequencage du genome de l'homme de Neandertal

L’ADN fossilise, retrouve sur un femur datant d’environ 38.000 ans pourrait
aboutir a l’identification du premier genome du plus proche parent de
l’homme moderne : l’homme de Neandertal. En effet, cet ossement, qui a pu
etre conserve a l’abri de toute contamination dans un musee de Zagreb, en
Croatie, a permis au chercheur de glaner de precieuses informations
genetiques qui pourraient nous apprendre plus sur nos origines.
En 2004, Edward Rubin, Directeur du departement de genetique au "Lawrence
Berkeley National Laboratory« a contacte le paleogeneticien Svante Paabo du »Max Planck Institute" de Leipzig en Allemagne. Ils ont decide, alors de
mettre en commun les echantillons d’ADN afin de mener deux etudes en
parallele.
Les techniques utilisees pour amplifier l’ADN ont ete differentes selon les
laboratoires. Rubin et son equipe ont choisi d’utiliser un modele bacterien
pour amplifier l’ADN fossile. Le groupe de Paabo a decide de fixer les
fragments d’ADN sur de petites billes et d’amplifier chaque fragment par la
suite. Par ailleurs, les deux groupes ont utilise la meme methode de
sequencage, « le pyrosequencing », pour decrypter le contenu genetique.
A partir de ces deux techniques, Rubin et Paabo ont pu identifier
respectivement 65.000 et un million de bases qu’ils ont ensuite analyse.
Comme pressenti, le genome de l’homme de Neandertal ressemble tres fortement
au genome humain (99,5% d’homologie contre 99% pour le chimpanze). Les
scientifiques ont egalement tente de calculer la date de la divergence entre
les races de l’homme moderne et l’homme de Neandertal. Paabo estime que cet
evenement a eu lieu, il y a 516.000 ans (465.000- 569.000). L’amplitude
calculee par le groupe de Rubin est beaucoup plus large, (du fait d’un
sequencage plus court), entre 468.000 et 1.105.000 ans. Cependant, les
chercheurs estiment que leurs donnees sont significatives. Ces valeurs, de
l’ordre de 500.000 ans, sont a mettre en parallele avec les 5 a 6 millions
d’annees mesurees pour la differentiation de la lignee Homme-Chimpanze
(ancetre vivant le plus proche de l’Homme).

La question de l’heritage de l’homme de Neandertal s’est posee aux
scientifiques. Que s’est-il passe lorsque les hommes modernes ont migre vers
l’Europe et ont rencontre l’homme de Neandertal, il y a 30.000 a 40.000 ans
? Rubin et Paabo n’ont pas trouve de preuve de ces croisements mais ne les
excluent pas.
Bruce Lahn, geneticien de l’Universite de Chicago a publie un article dans
PNAS dans lequel il a analyse les origines du gene microcephaline suspecte
d’etre implique dans le developpement du cerveau. Les variants de ce gene
sont presents depuis 37.000 ans et se sont largement repandus dans le monde
(70% de la population). Apparemment, un type, l’haplogroupe D, a ete
favorise par selection naturelle. Dans cet article, ce gene a ete analyse
chez 89 personnes des quatre coins du monde. La diversite de ce gene est
telle que les chercheurs estiment que ces variants ont ete crees depuis un
million d’annees alors que ce gene est apparu il y a seulement 37.000 ans
dans le genome de l’homme moderne. Ces donnees contradictoires necessitent
donc d’etre eclaircies.
Ces travaux publies a la fois dans Nature et Science Science La science est désormais l’affaire de tous. Découvrez la science d’une manière ludique et active. Nous vous proposons d’en découvrir plus sur nos expéditions à la voile, découverte du plancton. restent cependant assez
preliminaires puisque uniquement 1 million de bases ont ete sequencees sur
les 3,2 milliards que compte le genome de l’homme de Neandertal. Paabo
espere tout de meme pouvoir publier une sequence quasi complete d’ici deux a
trois ans. Ces donnees devraient permettre d’identifier ainsi que dater
l’acquisition des genes specifiques qui ont abouti aux caracteristiques de
l’homme moderne.