La biologie conceptuelle au service de la medecine

Les donnees biologiques se trouvent aujourd’hui rassemblees dans des banques d’information differentes : pour le genome (ie GenBank), pour les voies de signalisation (ie KEGG), pour les proteines (ie UniProt) ou sous forme de petites ontologies (ie Gene ontology, GO).
Il existe un travail en continue pour essayer de standardiser les annotations des differentes banques de donnees. En effet, pour l’instant il n’est pas tres aise de regrouper les differentes banques en raison des conventions differentes qui ont ete utilisees lors de leur creation.
Le projet VISUBIOMED coordonne par le VTT permet la recuperation de donnees en provenance de plusieurs banques et affiche les resultats sous forme de graphiques a l’aide du logiciel megNet.
Dans le cadre du programme europeen HEPADIP soutenu par le 6PCRD, les differentes equipes europeennes etudient les voies de signalisation cellulaires impliquees dans la resistance a l’insuline, l’obesite et le syndrome metabolique. Le logiciel megNET a permis d’etudier la co-regulation des differentes voies de signalisation chez des souris obeses et resistantes a l’insuline. Un lien inattendu a ete trouve entre les triglycerides des cellules adipeuses du foie et la synthese de ceramides potentiellement toxiques pour le foie.
Le systeme megNet est encore au stade de prototype mais les donnees obtenues sont tout a fait encourageantes et seront utilises pour la conception des nouvelles experiences, l’annotation des genes et l’interpretation des donnees experimentales.

Pour en savoir plus, contacts :

Matej Oresic - VTT , Boite postale 1500 , FIN-02044 VTT, Espoo Finlande - Tel : +358 20 722-4491 - email : matej.oresic vtt.fi - Site Internet du
groupe : http://sysbio.vtt.fi/transcendo/ -Site internet du projet europeen HEPADIP, http://www.hepadip.org
Ore ?ic, M. et al. Metabolomic approaches to phenotype characterization and applications to complex diseases, Expert Rev. Mol. Diagn. 6, 575-585 (2006).
Sources : CSC news, Journal d’information sur la recherche en informatique en Finlande, http://www.csc.fi Redacteur : Marie Aronson, attachee scientifique